Στην αρχαιότητα μέχρι τους κλασικούς χρόνους το νησί ήταν γνωστό με το όνομα Ίκος. Η αρχαία πόλη καταποντίσθηκε πριν από την παλαιολιθική περίοδο και τα ερείπιά της διακρίνονται στο βυθό του Κοκκινόκαστρου. Ονομάσθηκε Αλόννησος κατά λάθος, το 1836.

Ίσως ακούσετε για τα κρυστάλλινα νερά στην παραλία «Λεφτός Γιαλός». Αν πάτε και καθίσετε για φαγητό στην ταβέρνα «Δόλοπες»,  για να μη έχετε την ίδια με μένα απορία σας πληροφορώ ότι οι Δόλοπες ήταν πελασγικό φύλο που κάποια στιγμή έγιναν ξακουστοί πειρατές και μάστιγα του Αιγαίου, ώσπου τους καθάρισε ο αθηναϊκός στόλος με αρχηγό τον Κίμωνα.

- Στη Χώρα με τον υπέροχο μεσαιωνικό οικισμό!

- Δια θαλάσσης στα γύρω νησάκια: Περιστέρα, Κυρά Παναγιά, Γιούρα, Σκάτζουρα, Πιπέρι, Ψαθούρα, Δυο Αδελφοί.

- Σε κάποιο ή και σε όλα τα 14 σηματοδοτημένα φυσικά μονοπάτια .

Γίνονται και ξεναγήσεις.

Με έκταση 25 περίπου τετραγωνικά χιλιόμετρα αποτελείται από ένα ήπιο  γεωγραφικό ανάγλυφο με  ομαλούς-βατούς  λόφους, απαλές πλαγιές και με δύο μεγάλες κοιλάδες- κάμπους στον Πλανήτη και στον Άγιο Πέτρο.

Αρχαιότατο λίκνο πολιτισμού  επιβεβαιωμένο από τα ευρήματα της αρχαιολογικής σκαπάνης, μήλον της έριδος μεταξύ Φιλίππου του Μακεδόνα και των Αθηναίων και σημαντικό μοναστικό και θρησκευτικό κέντρο του Αιγαίου. Αντελήφθη εγκαίρως την μεγάλη σημασία της Κυρά Παναγιάς, ο Άγιος Αθανάσιος ο Αθωνίτης, κτήτωρ της Ιεράς Μονής Μεγίστης Λαύρας και ύστερα από συνεννόηση με τον φίλο του, αυτοκράτορα Νικηφόρο Φωκά αγοράζει το νησί του Γυμνοπελαγησίου (αυτό ήταν το Βυζαντινό όνομα της Κυρά Παναγιάς) το έτος 993.

Η απόκτηση του Γυμνοπελαγησίου από τον Άγιο Αθανάσιο φαίνεται ότι είχε διττή σημασία και σπουδαιότητα για το μοναστήρι της Μεγίστης Λαύρας αλλά και για ολόκληρη την βυζαντινή αυτοκρατορία.

Στην χιλιετία που κύλησε από το 993, η Κυρά Παναγιά  μπορεί να έχασε τη στρατηγική της σημασία, λόγω και των γεωπολιτικών ανακατατάξεων ( Οθωμανική Αυτοκρατορία, Ελληνική Επανάσταση 1821-απελευθέρωση, κ.τ.λ.) όμως η επισιτιστική της σημασία για την κοινότητα των μοναχών της Μεγίστης Λαύρας εξακολουθούσε να υφίσταται μέχρι το τέλος της δεκαετίας του ΄70.

Πολυπληθείς κοινότητες κολλήγων και παραγιών ζούσαν μόνιμα στην Κυρά Παναγιά, η οποία έσφυζε από ζωή, σφυρηλατώντας δεσμούς συνεργασίας ανάμεσα στους ντόπιους και την μοναστική κοινότητα.

Στην περιοχή του Πάρκου υπολογίζεται ότι ζει ο μεγαλύτερος στη Μεσόγειο πληθυσμός της Μεσογειακής φώκιας Monachus monachus. Το θαλάσσιο πάρκο είναι το πρώτο Εθνικό Θαλάσσιο Πάρκο της Ελλάδας και ιδρύθηκε το 1992.

Το σπήλαιο του Κύκλωπα, το μεγαλύτερο των Βορείων Σποράδων, βρίσκεται στο νησί Γιούρα, το οποίο σήμερα είναι ακατοίκητο και ανήκει στα ερημόνησα του Βορείου Αιγαίου. Απέχει από την Αλόννησο 16 ναυτικά μίλια και παρουσιάζει ιδιαίτερο οικολογικό ενδιαφέρον αφού στο τραχύ και δύσβατο έδαφός του ζει ένα σπάνιο είδος αιγάγρου, που σήμερα είναι υπό προστασία. Οι παλαιότερες μαρτυρίες που έχουμε για το είδος αυτό προέρχονται από περιηγητές του 16ου και 17ου αιώνα.